A Baía da Alagoa é um dos recantos costeiros mais impressionantes da ilha das Flores, situada na costa nordeste, entre Santa Cruz das Flores e Cedros. Rodeada por altas encostas verdejantes e falésias vulcânicas, a baía abre-se para o Atlântico diante de um conjunto de ilhéus e rochedos escarpados. Na margem encontra-se uma pequena praia de calhau rolado, criando uma paisagem simultaneamente selvagem, tranquila e muito característica das Flores.
Esta zona faz parte do geossítio da Costa Nordeste do Geoparque Açores Mundial da UNESCO, uma área marcada por escoadas lávicas, formações piroclásticas, grutas de erosão, cascatas e imponentes falésias. Os ilhéus e escarpas são também importantes habitats para aves marinhas, incluindo cagarros, garajaus-comuns e garajaus-rosados. A vegetação açoriana que cobre as encostas reforça a sensação de isolamento e transforma a Alagoa num excelente local para fotografia e observação da paisagem.
A baía possui também interesse histórico. Durante séculos foi um dos poucos portos naturais acessíveis da ilha das Flores e serviu para o embarque de produtos agrícolas, incluindo laranja destinada ao território continental português e a Inglaterra. Atualmente, a zona é atravessada pela primeira etapa da Grande Rota das Flores, que liga Santa Cruz das Flores a Ponta Delgada e permite conhecer de perto esta parte particularmente recortada da costa.
Junto à baía existe um parque de merendas com bancos, zona de churrasco e instalações sanitárias, tornando o local adequado para uma paragem durante a exploração da ilha. A Alagoa é também conhecida pelo interesse para o mergulho nas águas e formações rochosas próximas. O piso de pedra e alguns acessos podem tornar-se escorregadios depois da chuva, pelo que é aconselhável utilizar calçado adequado e verificar sempre as condições meteorológicas e marítimas antes de atividades junto ao mar.