A Fábrica da Baleia do Boqueirão, em Santa Cruz das Flores, é um núcleo do Museu das Flores dedicado à história da baleação na ilha. Situada junto ao porto do Boqueirão, ocupa uma antiga unidade industrial construída entre 1941 e 1944.
O percurso de visita apresenta a pesca à baleia e o trabalho desenvolvido na fábrica, onde se produziam óleo e farinhas para exportação. A maquinaria preservada e os espaços industriais ajudam a compreender as diferentes etapas de transformação e a ligação desta atividade à comunidade florentina.
Inaugurado em 2015, o museu permite conhecer uma parte do património marítimo e industrial das Flores, num edifício marcado pela sua chaminé e pela proximidade ao mar.