Lagoa do Capitão é uma descida linear do planalto central para São Roque do Pico. O percurso começa junto à Estrada Transversal e aproxima-se primeiro da lagoa, enquadrada por pastagens e vegetação de altitude. Depois da visita à margem, entra num caminho de terra ladeado por cedros-do-mato de grande porte. Este primeiro ambiente, aberto e frequentemente húmido, oferece uma leitura clara do interior elevado da ilha.
Após cerca de três quilómetros, o caminho contorna o Piquinho e abre vistas sobre a costa norte. Regressa depois ao eixo de descida, percorre um troço de bagacina e atravessa pastagens seguindo a marcação. Uma vereda entre vegetação endémica conduz à parte mais exigente: uma calçada inclinada que perde altitude rapidamente. Com a descida, a flora muda e o incenso torna-se mais presente, assinalando a transição do planalto para as zonas habitadas.
Ao sair da vegetação, o trilho passa por uma zona de merendas e continua em direção ao Cais do Pico. O final situa-se no Convento de São Pedro de Alcântara, em São Roque. A caminhada reúne lagoa, vegetação nativa, pastagem, costa distante e património construído numa progressão contínua; a dificuldade média resulta sobretudo do piso, da descida acentuada e das condições meteorológicas variáveis em altitude.